Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan No. 26 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit di Lingkungan Kementerian Kesehatan dan Keputusan Direktur Utama RSUP Dr. Sardjito Yogyakarta No. OT.01.01/D.XI/14575/2023 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja RSUP Dr. Sardjito Yogyakarta, berikut ini Bagan struktur Organisasi dan tata kerja RSUP Dr. Sardjito Yogyakarta :
