Publik dikagetkan dengan adanya peningkatan jumlah kasus COVID-19 yang signifikan di Inggris bulan Desember ini. Hasil analisis genomik virus Corona menunjukkan adanya sekelompok mutasi (varian) baru pada >50% kasus COVID-19 di Inggris tersebut. Varian ini dikenal dengan nama VUI 202012/01 (Variant Under Investigation, tahun 2020, bulan 12, varian 01), yang terdiri dari sekumpulan mutasi antara lain 9 mutasi pada protein S (deletion 69-70, deletion 145, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H). Varian baru (501.V2) juga ditemukan secara signifikan pada kasus COVID-19 di Afrika Selatan yaitu kombinasi 3 mutasi pada protein S: K417N, E484K, N501Y.
Bagaimana sebaran mutasi baru ini secara global?
Sampai dengan tanggal 27 Desember 2020, varian VUI 202012/01 telah ditemukan pada 1.4% virus pada database GISAID, 99% varian tersebut dideteksi di Inggris. Selain di Inggris, varian ini telah ditemukan di Irlandia, Perancis, Belanda, Denmark, Australia. Sedangkan di Asia baru ditemukan pada 9 kasus yaitu Singapura, Hong Kong, Israel masing-masing 1 kasus dan Jepang 6 kasus.
Apa yang perlu diwaspadai dari mutasi baru tersebut?
Dari 9 mutasi tersebut pada VUI 202012/01, ada satu mutasi yang dianggap paling berpengaruh yaitu mutasi N501Y. Hal ini karena mutasi N501Y terletak pada Receptor Binding Domain (RBD) protein S. RBD merupakan bagian protein S yang berikatan langsung dengan ACE2 receptor untuk menginfeksi sel manusia.
Apa pengaruh mutasi baru ini?
Mutasi baru ini diduga meningkatkan transmisi antar manusia sampai dengan 70%. Namun, mutasi ini belum terbukti lebih berbahaya/ganas. Demikian juga, mutasi ini belum terbukti mempengaruhi efektivitas vaksin Corona yang ada.
Apakah ada pengaruh terhadap deteksi diagnosis COVID-19 dengan PCR?
PCR untuk diagnosis infeksi COVID-19 mendeteksi kombinasi beberapa gen pada virus Corona, misalnya gen N, gen orf1ab, gen S, dll. Karena varian baru tersebut terdiri dari multipel mutasi pada protein S, maka diagnosis COVID-19 sebaiknya tidak menggunakan gen S, karena bisa memberikan hasil negatif palsu. Pada umumnya tes PCR untuk diagnosis COVID-19 menggunakan kombinasi: 1) gen ORF1ab dan gen E; 2) gen ORF1ab dan gen N; dan 3) gen ORF1ab, gen N dan gen E. Jadi, bisa disimpulkan selama PCR tidak menggunakan gen S, maka masih akurat untuk mendiagnosis COVID-19.
Apa yang bisa dilakukan untuk mendeteksi mutasi baru pada virus Corona?
Peran surveilans genomik (whole genome sequencing) virus Corona menjadi sangat penting dalam rangka identifikasi mutasi baru, untuk pelacakan (tracing) asal virus tersebut dan dilakukan isolasi terhadap pasien dengan mutasi tersebut, sehingga penyebaran virus Corona bisa dicegah lebih lanjut.
Apa peran masyarakat menghadapi virus dengan mutasi baru ini?
Masyarakat boleh waspada dengan adanya mutasi baru tersebut, namun tidak perlu disikapi dengan kekhawatiran berlebihan. Masyarakat tetap harus menerapkan 3M (memakai masker, mencuci tangan dan menjaga jarak/menghindari kerumunan).
Narasumber:
Gunadi, PhD, SpBA (Dokter RSUP Dr. Sardjito – Peneliti UGM Whole Genome Sequencing SARS-CoV-2)
No Comments