Apakah yang dimaksud dengan Mutasi dan Varian?
Mutasi adalah perubahan materi genetik yang merupakan fenomena alamiah dalam siklus hidup suatu organisme. Walaupun merupakan salah satu mekanisme adaptasi untuk bertahan hidup, mutasi virus terjadi secara acak, tidak selalu menguntungkan virus, dan hanya sekitar 4-5 persen yang membuat virus lebih “kuat”. Dapat menyebabkan perubahan pada bagian struktural maupun non struktural. Mutasi pada tiap jenis mikrorganisme bisa terjadi dengan frekuensi berbeda dan sebagai akibat dari berbagai faktor. Produk dari hasil mutasi ini disebut dengan mutan. Varian virus baru ditetapkan bila mutasi yang terjadi mengakibatkan perubahan asam amino sehingga terdapat perubahan sifat fenotipe jika dibandingkan virus asalnya. Mutasi merupakan upaya adaptasi virus terhadap perubahan lingkunganya seiring proses replikasi terus terjadi. Dalam tubuh manusia atau pejamu lainnya, mutasi virus dapat berpengaruh atau tidak berpengaruh pada timbulnya gejala serta penatalaksanaan medis. Hal ini sangat tergantung pada regio gen yang bermutasi. Mutasi virus SARS-CoV-2 sendiri diketahui paling banyak terjadi pada gen S yang menyebabkan kegagalan reagen tertentu untuk mendeteksi gen target S; yang dikenal dengan istilah S-Gene Target Failure (SGTF).
Penamaan Varian Virus COVID-19
World Health Organization (WHO) melakukan pendataan varian baru dari mutasi virus SARS CoV-2. Pendataan ini digunakan untuk mengetahui perubahan fenotipe virus dan dampaknya terhadap komunitas. Berbagai sistem telah digunakan untuk memberi nama varian, yaitu oleh Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), Nextstrain, dan Pango. Namun, sistem penamaan tersebut memiliki beberapa kekurangan sehingga WHO merumuskan penamaan varian virus SARS CoV-2 yang dikenal dengan variant of interest (VOI) dan variant of concern (VOC).
Variant of Concern
Variant of Concern (VOC) adalah varian dengan dua komponen VOI, yang disertai peningkatan penularan dan virulensi sehingga terjadi perubahan epidemiologi dan manifestasi klinis yang merugikan, termasuk penurunan efektivitas pemeriksaan diagnostik, penatalaksanaan, dan vaksinasi. Klasifikasi VOC ini harus melalui penilaian menyeluruh untuk memperoleh data yang signifikan. Varian Omicron pertama kali dilaporkan WHO dari Afrika Selatan pada tanggal 24 November 2021, dimana terakhir didominasi varian Delta. Tes PCR menunjukkan pada varian ini tidak terdeteksi satu dari tiga gen target, yaitu dropout atau target failure gen S. Penyebaran varian ini telah terdeteksi lebih cepat daripada lonjakan infeksi sebelumnya. Namun, belum terdapat studi terkait tingkat morbiditas dan mortalitas penyakit akibat varian baru ini secara pasti.
Variant of Interest
Variant of Interest (VOI) adalah varian SARS CoV-2 yang ditandai dengan mutasi asam amino yang menyebabkan perubahan fenotipe virus, yang diketahui atau diprediksi dapat mengubah kondisi epidemiologi, antigenisitas, dan virulensi virus.Varian ini diketahui secara signifikan mengalami transmisi komunitas, baik pada beberapa kasus, klaster, maupun negara. Pola penyebarannya dalam komunitas dapat merugikan kesehatan publik, bahkan memberikan dampak buruk pada proses diagnostik dan terapeutik.
Apa bedanya Omicron dengan varian lain?
Varian Omicron punya banyak mutasi, sebagiannya tidak pernah kita lihat sebelumnya. Banyak mutasi tersebut terdapat pada protein spike, yang menjadi target kebanyakan vaksin, dan itulah yang dikhawatirkan. Dalam tes standar, Omicron memiliki mutasi yang disebut “S-gene dropout” atau ketiadaan gen S, karena itu cukup mudah mendeteksi kasus positif yang mungkin merupakan varian tersebut. Tetapi tidak semua virus yang tidak memiliki gen S adalah Omicron – perlu pengurutan genom utuh (whole genome sequencing) untuk memastikannya.
Tes apa yang digunakan untuk mendeteksi Omicron?
Antigen – Rapid Diagnostic Test
Munculnya setiap varian baru SARS-CoV-2 yang menjadi perhatian (VOC) memerlukan penyelidikan dampak potensialnya terhadap kinerja tes diagnostik yang digunakan, termasuk tes diagnostik cepat pendeteksi antigen (Ag-RDT). Meskipun beberapa laporan menyampaikan bahwa varian Omicron yang baru muncul pada prinsipnya dapat dideteksi oleh Ag-RDT, tetapi masih sedikit data tentang sensitivitas yang tersedia. Pada sebuah penelitian yang dilakukan oleh Meriem Bekliz et al., melakukan pengujian sensitivitas analitik dengan virus yang dikultur dalam delapan Ag-RDT dan pengujian retrospektif dengan sampel klinis dari individu yang divaksinasi dengan infeksi Omicron atau Delta dengan Ag- RDT. Dari hasil penelitian didapatkan sensitivitas untuk mendeteksi Omicron sangat bervariasi antara Ag-RDT, diperlukan pertimbangan yang cermat saat menggunakan tes. Faktor biologis dan teknis juga adapt mempengaruhi hasil pemeriksaan Ag-RDT.
Tes skrining berbasis NAAT (Nucleic Acid Amplification Test) untuk Deteksi Varian
Untuk deteksi dini dan perhitungan prevalensi VOC (atau ketika kapasitas pemeriksaan terbatas) metode alternatif harus digunakan, seperti skrining diagnostik berbasis NAAT. Sampel positif idealnya harus disaring menggunakan uji berbasis NAAT yang dapat menberikan keuntungan hasil yang cepat. Secara keseluruhan, pemeriksaan ini mendeteksi mutasi spesifik seperti penyisipan, penghapusan, dan mutasi pada titik genom SARS CoV-2 yang merupakan karakteristik dari VOC/VOI tertentu menggunakan PCR. Pemeriksaan berbasis NAAT yang mendeteksi mutasi atau lokasi mutasi secara spesifik. Dapat digunakan untuk tes skrining untuk menentukan kemungkinan adanya varian. Pemeriksaan sudah harus divalidasi terhadap varian-varian yang akan dideteksi oleh reagen tersebut, meskipun beberapa varian memiliki mutasi yang sama.
Tes PCR, yang menggunakan sampel swab dari hidung dan tenggorokan, mendeteksi apakah seseorang terinfeksi virus corona. Sampel swab dikirim ke laboratorium untuk dianalisis. Beberapa laboratorium juga dapat mengidentifikasi varian tertentu, misalnya Delta atau Omicron. Teknik yang saat ini digunakan untuk deteksi dini Omicron disebut ‘S-Gene Target Failure’ (SGTF). Omicron diketahui mengalami mutasi pada protein spike (S), sehingga bila dideteksi dengan PCR, tidak terdeteksi (failure) sementara gen lainnya positif.
Whole Genome Sequencing
Whole Genome Sequencing (WGS) adalah metode pelacakan genetik suatu organisme (bakteri, virus, hingga manusia) dengan cepat dan terjangkau. Tujuan tes dengan metode Whole Genome Sequencing adalah mendapatkan informasi tentang varian bakteri atau organisme tertentu dengan satu kali tes. Genom, atau materi genetik suatu organisme baik bakteri, virus, tumbuhan maupun manusia terdiri dari DNA. Setiap organisme memiliki urutan DNA unik yang terdiri dari basa (A, T, C, dan G). Jika mengetahui urutan basa dalam suatu organisme, maka telah berhasil mengidentifikasi sidik jari atau pola DNA uniknya. Menurut CDC (Centers for Disease Control), sekuensing dalam hal ini DNA akan menghasilkan urutan basa. Sekuensing seluruh genom adalah prosedur laboratorium yang menentukan urutan basa dalam genom suatu organisme dalam satu proses. Urutan yang telah didapatkan dapat dianalisis untuk mengetahui perbedaan organisme satu dengan yang lainnya.
Kontributor :
Riat El Khair, Sp.PK(K), M.Sc.
Patologi Klinik RSUP Dr. Sardjito Yogyakarta
No Comments